ODEPA, para realizar sus funciones, cuenta con una subdirección y siete departamentos que dependen de un Director Nacional.

La Subdirección Nacional es la encargada de atender los asuntos relativos a la agricultura al interior del país y las materias de organización interna.

Departamento de Política Agraria es el encargado de diseñar, elaborar y evaluar medidas de políticas y reglamentos relativos a la agricultura, así como de mantener una visión sectorial actualizada en permanente vinculación con los agentes públicos y privados involucrados en el desarrollo de la agricultura nacional.

Departamento de Política y Comercio Internacional está a cargo de participar en las negociaciones bilaterales y en las reuniones de las comisiones administradoras de los acuerdos ya suscritos. Asimismo realiza el seguimiento de las discusiones sobre comercio exterior en los foros internacionales y, paralelamente, se ocupa de cooperación técnica internacional.

Departamento de Información Agraria es el encargado de recopilar, generar y difundir información actualizada y analíticamente procesada sobre la situación agropecuaria nacional e internacional. Así mismo, debe proponer, diseñar, producir y mantener los sistemas y servicios de información de ODEPA.

Departamento de Asesoría Jurídica está a cargo de la elaboración de la normativa jurídica del sector silvoagropecuario, preparando anteproyectos de leyes y proyectos de reglamentos en conformidad con las instrucciones de la autoridades ministeriales, así como de prestar asesoría en materias legislativas.

Departamento de Recursos Institucionales participa en la supervisión y evaluación del proceso de obtención y asignación presupuestaria de las instituciones dependientes del Ministerio, así como en el análisis de su gestión programática.

Departamento de Computación e Informática es el encargado del funcionamiento de la infraestructura computacional de ODEPA, la red de comunicaciones nacional, el desarrollo del software institucional y de prestar soporte al conjunto de usuarios conectados.

Departamento de Administración y Finanzas es el responsable de entregar el soporte administrativo necesario para que la ODEPA desarrolle sus actividades. Para esto, el departamento se hace cargo de la administración operativa de los recursos humanos, financieros y materiales de la institución.

En la estructura funcional de ODEPA también se incluyen dos unidades asesoras que dependen de la Dirección: la Unidad de Auditoría Interna y la Unidad de Programación y Evaluación.